Leta 2035 je človeštvo že skoraj zbrisano z obličja Zemlje. Skupina znanstvenikov pošlje Jamesa Colea nazaj v leto 1996, da bi poskušal razvozlati skrivnost apokalipse, še preden človeštvo dokončno izgine s planeta. Cole v letu 1996 spozna Jeffreyja Goinesa in psihiatrinjo Kathryn. Ta ga sprva proglasi za norega, a ji je kmalu jasno, da je človeštvo res obsojeno na propad. S Coleom poskušata razvozlati skrivnost, v pomoč pa sta jima dva namiga: Coleova podoba iz otroštva in simboli Vojske dvanajstih opic.
In a future world devastated by disease, a convict is sent back in time to gather information about the man-made virus that wiped out most of the human population on the planet.