Leonardo, Raphael, Donatello in Michelangelo so ninja želve. Kot pove že njihovo ime, obvladajo borilne veščine, s katerimi svojim sovražnikom vedno znova poženejo strah v kosti. Le njihov največji sovražnik Shredder se jih prav nič ne boji. Štirje prijatelji trenutno živijo pri prijateljici, novinarki April O'Neil, sicer pa prebivajo v podzemlju. Fantje obožujejo pico in ne zdržijo brez nje. Njihov dostavljalec pic se bo skupaj z njimi spustil v boj proti zlikovcem. Poleg tega bodo naši junaki odkrili izvor radioaktivne snovi, iz katere so nastali. In iste snovi se bo hotel polastiti Shredder, ki že kuje maščevanje.
The turtles find out where the Ooze, the substance which made them mutate, came from. Unfortunately Shredder learns about it too, and uses it to enhance himself. So the turtles have to prove again who's the better ninja fighter.